Dalam tahap perencanaan dan penganggaran, pemerintah desa harus melibatkan masyarakat desa yang direpresentasikan oleh Badan Permusyawaratan Desa (BPD), sehingga program kerja dan kegiatan yang disusun dapat mengakomodir kepentingan dan kebutuhan masyarakat desa serta sesuai dengan kemampuan yang dimiliki oleh desa tersebut. Selain itu pemerintah desa harus bias menyelenggarakan pencatatan, atau minimal melakukan pembukuan atas transaksi keuangannya sebagai wujud pertanggungjawaban keuangan yang dilakukannya.
Namun demikian, peran dan tanggung jawab yang diterima oleh desa belum diimbangi dengan sumber daya manusia (SDM) yang memadai baik dari segi kuantitas maupun kualitas. Kendala umum lainnya yaitu desa belum memiliki prosedur serta dukungan sarana dan prasarana dalam pengelolaan keuangannya serta belum kritisnya masyarakat atas pengelolaan anggaran pendapatan dan belanja desa. Besarnya dana yang harus dikelola oleh pemerintah desa memiliki risiko yang cukup tinggi dalam pengelolaannya, khususnya bagi aparatur pemerintah desa.
Fenomena pejabat daerah yang tersangkut kasus hukum jangan sampai terulang kembali dalam skala pemerintahan desa. Aparatur pemerintah desa dan masyarakat desa yang direpresentasikan oleh BPD harus memiliki pemahaman atas peraturan perundang-undangan dan ketentuan lainnya, serta memiliki kemampuan untuk melaksanakan pencatatan, pelaporan dan Pertanggungjawaban keuangan desa.