Sebagai pejabat fungsional, bendahara pengeluaran dalam pelaksanaan tugasnya dilarang melakukan balk secara langsung maupun tidak langsung kegiatan perdagangan, pekerjaan pemborongan dan penjualan jasa atau bertindak sebagai penjamin atas kegiatan/ pekerjaan/penjualan, serta membuka rekening/giro pos atau menyimpan uang pada suatu bank atau lembaga keuangan Iainnya atas nama pribadi.
Selain itu, bendahara pengeluaran mempunyai kewajiban memungut pajak penghasilan (PPh) dan pajak lainnya, sekaligus berkewajiban menyetorkan seluruh penerimaan potongan dan pajak yang dipungutnya ke rekening Kas Negara pada bank pemerintah atau bank lain yang ditetapkan Menteri Keuangan sebagai bank persepsi atau pos giro dalam jangka waktu sesuai ketentuan perundang­undangan.
Hal ini sesuai dengan ketentuan pasal 64 Peraturan Pemerintah Nomor 58 Tahun 2005 tentang Pengelolaan Keuangan Daerah, “Bendahara pengeluaran sebagai wajib pungut Pajak Penghasilan (PPh) dan pajak lainnya, wajib menyetorkan seluruh penerimaan potongan dan pajak yang dipungutnya ke rekening Kas Negara pada bank pemerintah atau bank lain yang ditetapkan Menteri Keuangan sebagai bank persepsi atau pos giro dalam jangka waktu sesuai ketentuan perundang­undangan.
Bendahara keuangan pengeluaran menjadi bagian yang penting dalam hal pengelolaan keuangan daerah. Khususnya untuk mendukung serta mewujudkan pemerintahan yang bersih dan juga berwibawa di mata masyarakat. Maka dari itu, diperlukan adanya kompetensi yang memadai dalam hal mekanisme pembayaran atau pembukuan yang sesuai dengan aturan undang-undang yang berlaku. Tugas serta tanggung jawab bendahara keuangan memberikan pengaruh yang besar pada tata kelola keuangan di dalam pemerintahan daerah.